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서울공대 이야기
 

염기서열분석 핵시SW 국산화


생물의 게놈 염기서열을 밝혀 유전체 정보와 구조를 알아내는 데 필요한 염기서열분석의 핵심 소프트웨어가 국내 연구진에 의해 개발됐다.

 박근수 서울대 컴퓨터공학부 교수팀(44)은 농촌진흥청 주관 IMT2000 출연금 농림분야사업의 일환으로 짧은 길이의 DNA 염기서열 조각들을 조립해 전체 유전체를 재구성하는 ‘서열단편조립(Fragment Assembly)’ 소프트웨어를 국산화하는 데 성공했다고 24일 밝혔다.

 서열단편조립 소프트웨어란 염색체를 잘게 잘라 염기서열 분석기(시퀀서: Sequencer)에 넣어 DNA 염기서열을 읽어낸 후 염색체 조각들을 마치 직소 퍼즐을 맞추듯이 염기서열에 맞춰 재조립하는 프로그램이다.

 서열단편조립 소프트웨어는 인간 게놈 프로젝트(Human Genome Project)와 셀레라(Celera) 회사에서 인간 유전체의 염기서열을 결정하기 위해 사용한 핵심 소프트웨어로서 지금까지 전세계적으로 미국 워싱턴대학이 개발한 프랩(phrap) 소프트웨어가 주로 이용돼 왔다.

 연구팀이 개발한 서열단편조립 소프트웨어는 프랩 소프트웨어보다 데이터 처리 성능이 높고 특히 염색체 조각을 재조립하는 과정에서 ‘리피트(repeat)’라고 불리는 서로 다른 위치에 존재하면서 유사한 염기서열을 가진 조각들을 정확히 구별하는 기능이 있어 기존 소프트웨어의 한계를 극복했다.

 박근수 교수는 “인간 게놈 프로젝트 이후 모든 바이오 연구의 기반인 염기서열분석용 소프트웨어를 국산화함으로써 전 세계적으로 바이오 분야에서 핵심 기술을 확보하는 성과를 거두게 됐다”고 말했다.

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